Friday, March 11, 2011

R: instalacija jezika i paketa sa CRAN mreže



Uvod


Pre nego što zasučemo rukave i upoznamo se sa naprednim funkcijama u R-u, neophodno je da objasnimo postupak instalacije samog programskog jezika, kao i paketa sa CRAN mreže. Postupak instalacije zavisi od operativnog sistema (platforme) na kojoj se instalacija R-a vrši. U najkraćim crtama objasnićemo postupak instalacije R-a za:

kao i instalaciju paketa sa CRAN mreže.



Možda Vam ovakav poredak operativnih sistema deluje iznenađujuće, ali on ima svoje istorijsko opravdanje - GNU/Linux platforme su prve "ugostile" R, nakon čega su usledile verzije R-a za Windows i MacOS operativne sisteme.

GNU/Linux


U zavisnosti od Vaše GNU/Linux distribucije, postupak instalacije može biti bitno različit. Objasnićemo ukratko postupak instalacije za sledeće distribucije:


Ubuntu


Postupak instalacije R-a na Ubuntu platformama je prilično jednostavan. Ukoliko ste omogućili universe repozitorijume (to možete učiniti ili preko Software Sources alatke, ili izmenom /etc/apt/sources.list fajla), R možete instalirati pozivom komande:

# apt-get install r-base r-base-dev

Treba imati u vidu da verzija R-a na zvaničnim Ubuntu repozitorijumima nije najažurnija, pa je neophodno dodati repozitorijume na kojima se paketi redovno ažuriraju nakon objavljivanja nove verzije R-a. U fajl /etc/apt/sources.list neophodno je dodati liniju u sledećem formatu:

deb http://<my.favorite.cran.mirror>/bin/linux/ubuntu maverick/

gde je <my.favorite.cran.mirror> potrebno zameniti adresom servera sa CRAN mreže, a maverick/ sa kodnim imenom Vaše Ubuntu distribucije (ukoliko koristite verziju Lucid Lynx, dodajte lucid/). Detaljnu listu dostupnih servera možete naći na ovom linku.

Nakon izmene sources.list fajla, neophodno je dodati ključeve kojima su paketi digitalno potpisani:

$ gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key E2A11821
  $ gpg -a --export E2A11821 | sudo apt-key add -
  # apt-get update
  # apt-get install r-base r-base-dev

Paket r-base-dev nije neophodan, ali je potreban za instalaciju paketa sa CRAN mreže iz njihovog izvornog koda. Detaljno uputstvo o instalaciji R-a na Ubuntu distribucijama možete naći na zvaničnom sajtu.


Debian


Ukoliko ste korisnik Debian distribucije, ažurnu verziju R-a možete instalirati izmenom /etc/apt/sources.list fajla, tako što ćete dodati liniju:

deb http:///bin/linux/debian squeeze-cran/

gde je <my.favorite.cran.mirror> potrebno zameniti adresom servera sa CRAN mreže. Detaljnu listu dostupnih servera možete naći na ovom linku.

Nakon izmene, neophodno je importovati digitalne ključeve kojima su potpisani paketi, dok je postupak instalacije je prilično rutinski:

$ gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key 381BA480
  # apt-get update
  # apt-get install r-base r-base-dev

Paket r-base-dev neophodan je ukoliko želite da instalirate pakete sa CRAN mreže iz izvornog koda. Za detaljna uputstva o instalaciji R-a na Debian sistemima, posetite zvanični sajt.


Fedora


Ako ste korisnik Fedora distribucije, verzije 12, odnosno Red Hat Enterprise Linux verzije 6, ažurne verzije R-a se već nalaze na zvaničnim repozitorijumima i sve što je potrebno da uradite kako biste instalirali R je:

# yum install -y R

Za starije verzije Fedore, odnosno RHEL potražite odgovarajuće .rpm arhive na zvaničnom sajtu, a zatim izvršite sledeću komandu u terminalu:

# yum --nogpgcheck install <http://example.com/adresa/do/paketa.rpm>

Ukoliko ste već preuzeli pakete, tj. ukoliko se oni nalaze na lokalnom disku, pokrenite:

# rpm -Uvh </putanja/do/paketa.rpm>


SUSE


Za korisnike SUSE distribucija obezbeđen je 1-click install web interfejs, pomoću kojeg je moguće instalirati R jednostavnom pretragom repozitorijuma. Međutim, preporučuje se instalacija iz komandne linije:

# zypper ar -f http://download.opensuse.org/repositories/devel\:languages\:R\:patched/openSUSE_<X.Y> R-patched

gde je <X.Y> neophodno zameniti verzijom SUSE distribucije. Nakon toga se instalacija paketa vrši rutinski pozivanjem naredbe:

# zypper install R-patched R-patched-devel

Detaljno usputstvo za instalaciju R-a na SUSE platformama možete pogledati na zvaničnom sajtu.


Arch Linux


Ukoliko koristite Arch Linux distribuciju, R možete instalirati jednostavnim pozivanjem komande:

# pacman -S r

pre toga je neophodno proveriti da li ste omogućili community repozitorijum.


Instalacija iz izvornog koda



Ukoliko Vaša GNU/Linux distribucija nema pakete za R na zvaničnim repozitorijumima, neophodno je instalirati R iz izvornog koda. Ovaj način instalacije preferiraju napredni korisnici, zbog dodatnih opcija koje su dostupne prilikom kompajliranja. Nakon što preuzmete .tar.gz fajl sa zvaničnog sajta, postupak instalacije iz izvornog koda ne odstupa od uobičajenog:

$ tar -xzvf R-<verzija>.tar.gz
    $ ./configure --prefix=</putanja/do/direktorijuma> # default: /usr/local
  $ make
  $ make check # sigurnosna provera
  $ make install

Detaljne podatke o ovom načinu instalacije možete naći u zvaničnoj dokumentaciji.


MacOS X


Ukoliko ste ponosni vlasnik računara kompanije Apple, ili ste instalirali Mac OS na Vašem PC-ju, postupak instalacije R-a je krajnje jednostavan. Sve što treba da uradite je da preuzmete .pkg arhivu. Za detaljnije informacije posetite zvaničnu stanicu i FAQ.


Windows



Korisnici Windows operativnih sistema mogu preuzeti instalacioni fajl sa zvanične stranice. Duplim klikom započinje se instalacija grafičkog okruženja sa interpretatorom za R. Preporučujemo da pročitate često postavljanja pitanja u vezi sa instalacijom R-a na Windows operativnim sistemima.


Instalacija paketa sa CRAN mreže



Ukoliko ste uspeli da instalirate R na Vašem operativnom sistemu, sledeći korak je instalacija paketa sa CRAN mreže. Kako biste instalirali dodatne pakete, pokrenite interaktivnu sesiju i u komandnoj linji izvršite sledeću naredbu:

install.packages("<ime paketa>")

Ukoliko želite da instalirate veći broj paketa, prosledite pakete unutar vektora na sledeći način:

install.packages(c("<pkg1>", "<pkg2>"))

Ova komanda će generisati dijaloški prozor sa listom CRAN servera. Nakon što odaberete željeni CRAN server, počeće preuzimanje paketa i njegova instalacija. Ovo je standardni postupak instalacije i univerzalan je za sve operativne sisteme.

Detaljnu listu paketa možete naći na zvaničnoj stranici. Interesanta opcija je i tzv. CRAN Task View, gde su paketi tematski grupisani. Ukoliko želite da instalirate sve pakete iz date grupe, npr. grupu paketa za društvene nauke (SocialSciences), instalirajte paket ctv.

install.packages("ctv")
  library(ctv)
  install.views("SocialSciences")

Komanda library učitava dati paket, a funkcija install.views instalira sve pakete iz date grupe. Imajte u vidu da ovaj postupak može trajati prilično dugo. Primera radi, u grupi SocialSciences nalazi se 71 paket.

Ukoliko koristite GNU/Linux operativni sistem, postupak instalacije može trajati nešto duže nego uobičajeno, naročito ako se dati paket oslanja na interne funkcije (koje su pisane u jeziku C). Paketi sa CRAN mreže za Windows operativne sisteme dostupni su u vidu .zip arhiva i prekompajlirani su, pa je vreme potrebno za njihovu instalaciju znatno manje.

No comments:

Post a Comment